目前，WHO收到了来自16个全国接种H1N1疫苗国家的疫苗安全性信息，结果令人满意。疫苗相关的普通不良反应包括注射点红肿、疼痛；发热、头痛、疲劳、肌肉疼痛等可在疫苗注射后短期内出现，但出现频率不高。上述症状均可在注射后48小时内自行消失。此外还有一些过敏反应出现，但发生率在正常范围之内。目前报告的注射后发生疑似或确诊吉兰-巴雷综合征的病例不超过10例，且均未死亡。已有注射H1N1疫苗后死亡的病例报告，目前不认为死亡与疫苗有直接关系。

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